Orientation bibliographique en microbiologie

Sommaire taxinomique par ordre alphabétique : Eubacteria - Archaea - Eukaryotes unicellulaires - Virus, et Voir aussi

Actinopoda Acantharea - Actinopoda Heliozoa - Actinopoda Radiolaria - Alveolata - Amoebozoa - Apicomplexa - Bacillariophyta - Chlorarachniophyta - Choanoflagellata - Chromista - Ciliata - Cryptophyta - Dinoflagellata - Écologie microbienne - Euglenozoa - Excavata - Foraminifera - Glaucophyta - Haptophyta - Metamonada - Microsporidia - Mycetozoa - Mycota - Oomycota - Parabasalia - Percolozoa - Rhizaria - Rhizopoda -

Sommaire géographique et écologique

Europe - Moyen-Orient - Asie - Afrique - Amérique du Nord - Amérique centrale - Amérique du Sud - Régions polaires -
Eaux douces - Milieu océanique - Plancton - Extrêmophiles

Introduction

Cette page n'a ni la prétention ni pour objet de proposer une liste exhaustive des références relatives à la microbiologie, une telle entreprise serait, bien entendu, sans fin... Son ambition est de présenter une liste d'ouvrages, de publications ou de sites internet reconnus par la communauté scientifique comme incontournables ou majeurs, qu'ils soient généraux ou plus ciblés. Pour les sujets comportant une liste de références trop importante, se reporter aux éventuelles sous-pages plus spécialisées via les liens proposés. Le second objectif de cette page est, pour chaque groupe, d'en présenter les grandes lignes historiques de la littérature ainsi que d'en citer les auteurs ayant le plus de notoriété. Pour des références se rapportant plus spécifiquement à l'évolution, consulter la page Orientation bibliographique sur l'origine et l'évolution du vivant.

REFERENCE :

Référence scientifique majeure -

Vulgarisation particulièrement excellente

Escherichia coli (Proteobacteria, Enterobacteriaceae)

Foraminifères benthiques. Dans le sens des aiguilles d'une montre depuis en-haut à gauche : Ammonia beccarii, Elphidium excavatum clavatum, Buccella frigida, et Eggerella advena (Foraminifera)

Isotricha intestinalis (Ciliata)

Diatomées marines

Plasmodium sp. (Plasmodiidae), agent du paludisme

Microbiologie générale

Bibliographie

John P.Harley, Donald A. Klein, Lansing M. Prescott, Linda M. Sherwood, Joanne M. Willey, Christopher J. Woolverton 2003. Microbiologie. De Boeck (ed).
Madigan M.T. and Martinko J.M., 2001. Brock Biology of Microorganisms. Prentice Hall (ed).
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Sites internet

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Microbiologie médicale

Bibliographie

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Sites internet

Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire
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Biologie et biochimie microbienne

Bibliographie

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Références par groupes

Eubacteria

Bibliographie

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Archaea

Bibliographie

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Eukaryotes unicellulaires (en général)

Bibliographie

Patterson, D., 1996. Free-Living Freshwater Protozoa : A Colour Guide. ASM Press (ed.).
Puytorac (de), P., Grain, J., Mignot, J.P., 2006. Précis de protistologie. Lubrecht & Cramer Ltd (éd.). 581 p. (ISBN 2850040495 et 978-2850040498).
Minchin, E.A., 1912. An introduction to the study of the Protozoa. London, E. Arnold (ed.).
Kudo, R.R., 1954. Protozoology. Springfield, Illinois, C. C. Thomas (publisher).
Treatise on Invertebrate Paleontology. The Geological Society of America & The University of Kansas. Boulder, Colorado & Lawrence, Kansas.
- Kaesler, R. L., ed. Part B, Protista 1, vol. 1: Charophyta. 2005.
- Selden, P.A., ed. Part B, Protista 1, vol. 2: Chrysomonadida, Coccolithophorida, Charophyta, Diatomacea & Pyrrhophyta. In preparation.
- Moore, R.C., ed. Part C, Protista 2, vol. 1 & 2: Sarcodina, Chiefly “Thecamoebians” and Foraminiferida. 1964.
- Moore, R.C., ed. Part D, Protista 3: Protozoa (Chiefly Radiolaria and Tintinnina). 1954.
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Sites internet

Micro*Scope est la source d'images de protistes la plus riche à l'heure actuelle.

Algues unicellulaires

Algaebase représente aujourd'hui LA référence en matière de taxonomie des microalgues.

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Alveolata

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Ciliata

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Dinoflagellata

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Apicomplexa

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Chromista

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Oomycota

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Bacillariophyta

Bibliographie

Loir, M., 2004. Guide des diatomées. Delachaux et Niestlé (éd.).
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Cryptophyta

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Haptophyta

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Rhizaria

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Actinopoda - Acantharea

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Actinopoda - Heliozoa

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Actinopoda - Radiolaria

Bibliographie

Bykhovsky, B.E., 1971. Radiolaria of the World Ocean. Pensoft (ed.), 420 pp. (en russe)
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Foraminifera

Bibliographie

Sen Gupta, B.K., 1999, 2002. Modern Foraminifera. Kluwer Academic Publishers (ed.), 371 pp. (ISBN 0412824302) (1999); (ISBN 1402005989) (2002).
Murray, J., 2006. Ecology and Applications of Benthic Foraminifera. Cambridge University Press (ed.), 426 pp. (ISBN 0521828392).

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Chlorarachniophyta

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Excavata

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Euglenozoa

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Parabasalia

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Metamonada

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Percolozoa

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Glaucophyta

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Amoebozoa

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Molecular phylogeny of amoeboid protists (Université de Genève)
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Rhizopoda

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Mycetozoa

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Mycota

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Microsporidia

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Choanoflagellata

Bibliographie

Leadbeater, B., Thomsen, H., 2000. Order choanoflagellida. In « An Illustrated Guide to the Protozoa », by Leadbeater, B. and Thomsen, H. Society of Protozoologists, Lawrence (ed.), 14-38.
Leadbeater, B., Kelly, M., 2001. Evolution of animals choanoflagellates and sponges. Water and Atmosphere Online, 9 (2) : 9-11.
Nerad, A., Daggett, P., 1992. Cultivation of Choanoflagellates. In « Protocols In Protozoology », by Nerad, A. and Daggett, P. Society of Protozoologists, Lawrence (ed.), A-20.1-A-20.4.

Sites internet

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Virus

Bibliographie

Boyer, M., Yutin, N., Pagnier, I., Barrassi, L., Fournous, G., Espinosa, L., Robert, C., Azza, S., Sun, S., Rossmann, M.G., Suzan-Monti, M., La Scola, B., Koonin, E.V., Raoult, D. : Giant Marseillevirus highlights the role of amoebae as a melting pot in emergence of chimeric microorganisms. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009 (pdf)
Raoult, D., 2006. Mimivirus : le plus gros des virus. Pour la Science, janvier 2006, p54-59.
Pierre Ardoin : Virus et diagnostic virologique. Paris, Maloine Éditeur, 1983, 997p.
Thierry Borrel : Les Virus. Diversité et organisation du monde viral. Interactions avec le vivant. Nathan Université, Paris, 1996.
Gessain A., Manuguerra J.C. : Les virus émergents. Collection « Que sais-je ? », Presses Universitaires de France, 2006.

Sites internet

All the Virology on the www
International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)
- Index officiel des virus, d'après l'ICTV
Généralités en virologie : notes de cours proposées par deux étudiants de la faculté de La Rochelle (France). Version du 12/03/2003.
Principes actuels de classification des virus : extraits de cours de microbiologie, par Anne Decoster et al., de la faculté libre de médecine de Lille (France). Version du 22/05/2002.

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Références par zone géographiques

Europe

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Moyen-Orient - Asie

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Milieu océanique

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Plancton

Bibliographie

C. S. Reynolds, 2006. The Ecology of Phytoplankton (Ecology, Biodiversity and Conservation). Cambridge University Press (May 29, 2006), 550 pp. (ISBN 0521605199 et 978-0521605199).
Tomas, C. (ed.), 1997, Identifying Marine Phytoplankton, Academic Press, San Diego
Horner, R.A., 2002, A taxonomic guide to some common marine phytoplankton, Biopress limited

Sites internet

PlanktonNet (Images de nombreuses espèces de plancton)
Plankton Web
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Extrêmophiles

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